Collée à l’hôtel de ville, ancien château de la commanderie hospitalière fondée au XIIème siècle, l’église est au départ strictement réservée aux frères hospitaliers. Au fil du temps, elle devient l’église paroissiale de Bourganeuf. Des travaux d’embellissement et d’agrandissement lui permettent de marquer la puissance de Bourganeuf, devenu dès 1427, chef-lieu de la langue Auvergne.
Son portail de granite, largement altéré par le temps et l’incendie des années 1930 qui a détruit la commanderie, demeure un témoin de son histoire.
Les murs intérieurs sont peints de frises colorées, croix de Malte et médaillons. L’ancien confessionnal a été transformé en vitrine abritant précieusement la couronne de la vierge de la chapelle du Puy (située plus haut dans la ville), des reliquaires et autres objets religieux.
L’élément majeur est cependant l’orgue, le plus ancien de la région et qui recèle mystérieusement, d’anciens parchemins dans certains de ses tuyaux !